Το Τ.Φ. διαθέτει Γ’ Κύκλο Σπουδών (Διδακτορικές Σπουδές) στα γνωστικά αντικείμενα της φιλοσοφίας και της παιδαγωγικής, και μάλιστα είναι ένα από τα παλαιότερα Τμήματα ανθρωπιστικών σπουδών της χώρας μας με διδακτορικές σπουδές. Ικανός αριθμός διδακτόρων του απασχολείται στη Δευτεροβάθμια και Τριτοβάθμια Εκπαίδευση καθώς και σε πολιτιστικούς και μορφωτικούς φορείς σε τοπικό, εθνικό και διεθνές επίπεδο. Ο Γ’ Κύκλος Σπουδών του Τ.Φ. είναι διαρθρωμένος σε δύο διακριτά θεσμοθετημένα πλαίσια:

• Διδακτορικός Κύκλος Τμήματος Φιλοσοφίας (ΦΕΚ 3497/24-8-2020 «Έγκριση του Κανονισμού Διδακτορικών Σπουδών του Τ.Φ. της Φιλοσοφικής Σχολής του Π.Ι.»), ο οποίος συνιστά συνέχεια του διδακτορικού κύκλου σπουδών του τέως Τμήματος ΦΠΨ,

• Διδακτορικός Κύκλος του Δ.Δ.Π.Μ.Σ. «Ελληνική Φιλοσοφία – Φιλοσοφία των Επιστημών» του Τ.Φ., του Παιδαγωγικού Τμήματος Δημοτικής Εκπαίδευσης Π.Ι. και του Τμήματος Φιλοσοφικών και Κοινωνικών Σπουδών Παν/μίου Κρήτης (ΦΕΚ 4360/5-10-2020), ο οποίος προϋπήρχε εντός του Τομέα Φιλοσοφίας του τέως Τμήματος ΦΠΨ.